La temporada de 1999 fue la primera completa del SEAT Córdoba WRC en el Campeonato del Mundo de Rallys. A mediados del curso, SEAT Sport estrenó una evolución del prototipo, el Córdoba WRC Evo 2, con una imagen renovada acorde con el restyling del modelo de serie. El Córdoba WRC E2 conseguiría otros dos podios para SEAT en el mundial.

SEAT acababa de conseguir su primer podio en el Campeonato del Mundo de Rallys en 22 años, en el Rally de Nueva Zelanda de 1999. No obstante, el equipo no paraba de progresar y en la prueba siguiente, en Finlandia, debutó el SEAT Córdoba WRC E2, una evolución del prototipo que había debutado hacía exactamente un año en esa misma prueba.

El balance no pudo ser más positivo: Harri Rovanperä marcó el mejor tiempo absoluto en uno de los tramos -el segundo scratch del Córdoba WRC en el mundial- y terminó quinto absoluto, mientras que su compañero Toni Gardemeister se clasificó justo por detrás, sexto. Por primera vez, SEAT había colocado los dos Córdoba WRC en el top 6 de un rally del mundial.

El SEAT Córdoba WRC E2 se distinguía claramente de su predecesor porque reproducía la renovada estética del Córdoba de serie, que en mayo de 1999 había recibido un restyling, con un nuevo frontal con faros rediseñados y toma de aire dividida en tres aberturas. De hecho, el Córdoba WRC E2 fue presentado en el Salón de Barcelona de 1999, al mismo tiempo que el restyling del Córdoba de serie.

Durante la muestra, el SEAT de rallys obtuvo el primer premio a las Mejores Innovaciones Tecnológicas del Sector del Automóvil, otorgado por la Sociedad de Técnicos de Automoción y el Salón del Automóvil. El jurado valoró especialmente que el Córdoba WRC E2 era el primer vehículo de competición World Rally Car desarrollado íntegramente por un fabricante europeo, utilizando las últimas tecnologías de diseño, simulación y análisis.

El E2 también montaba un nuevo alerón trasero y era ligeramente más largo que el E1, aunque la batalla no variaba. Por su parte, el motor disponía de un turbocompresor nuevo, con una respuesta más rápida, y todos los diferenciales eran activos (también el trasero, mecánico en el Córdoba WRC E1). Algunos de los antiguos Córdoba WRC E1 fueron modificados a las nuevas especificaciones E2.

La temporada de 1999 prosiguió con buenos resultados, con Rovanperä quinto en China y sexto en Australia. Finalmente, en la última prueba del año, el Rally de Gran Bretaña, el piloto finlandés se despidió a lo grande de SEAT con una tercera posición, el segundo podio del año del Córdoba WRC. El resultado consolidaba el quinto puesto de SEAT en el Campeonato del Mundo, entre las siete marcas oficiales participantes. Además de Rovanperä y Gardemeister, Piero Liatti y Gwyndaf Evans también pilotaron el Córdoba WRC E2 en pruebas sueltas.

La progresión de SEAT en el Campeonato del Mundo de Rallys continuó en el 2000, con el fichaje del ex campeón del mundo de 1994 Didier Auriol como compañero de Gardemeister (Salvador Cañellas jr. también pilotaría un tercer Córdoba WRC E2 en el Rally de Catalunya). Después de una magnífica cuarta posición de Gardemeister en el Rally de Montecarlo, en el Rally Safari de Kenia el Córdoba WRC E2 iba a protagonizar la que cabe considerar la actuación más competitiva de SEAT en el Campeonato del Mundo.

En el Safari, Auriol fue el más rápido en la primera sección del rally. Por tanto, SEAT lideraba la clasificación absoluta de una prueba del Campeonato del Mundo por primera vez en su historia. El piloto francés se mantuvo en posiciones de podio a lo largo de todo el rally y llegó tercero a Nairobi, después de 2.691 kilómetros de recorrido, de los cuales 1.047 eran cronometrados. El Córdoba WRC E2 había demostrado su competitividad y fiabilidad en la que estaba considerada como la prueba más dura del mundial.

SEAT HISTÓRICOS conserva en la Colección el mismo chasis con el que Auriol fue tercero en el Rally Safari del 2000, el 14º de los 20 Córdoba WRC construidos. Este prototipo se conserva tal y como compitió en la prueba africana, que exigía unas modificaciones que lo distinguen claramente del resto de Córdobas WRC. Así, el coche del Safari monta un snorkel en el capó delantero para garantizar la admisión de aire en caso de vadear un río y un voluminoso escudo protector en el frontal, además de suspensiones de gran recorrido y una carrocería reforzada. También dispone de dos ruedas de recambio y un depósito de combustible auxiliar de 35 litros.

El SEAT Córdoba WRC E2 siguió compitiendo durante la temporada 2000 hasta el Rally de Nueva Zelanda. En la prueba siguiente, de nuevo en Finlandia, debutaría el Córdoba WRC E3, la última evolución del vehículo diseñado por SEAT Sport en colaboración con el Centro Técnico de SEAT en Martorell.