El Córdoba, derivado de tres volúmenes del Ibiza, recibió su segunda generación a finales de 2002, luciendo la atractiva imagen del nuevo Ibiza. El nuevo Córdoba ponía énfasis en el diseño y el carácter deportivo, en una propuesta más familiar y versátil que el Ibiza.

El primer Córdoba, presentado en septiembre de 1993, había sido la versión de 4 puertas y maletero separado del Ibiza II. Cuando apareció la tercera generación del Ibiza, en diciembre de 2001, empezó la cuenta atrás para un nuevo Córdoba, que se presentó en el Salón de París de 2002, también en el mes de septiembre.

Al igual que el Ibiza, el Córdoba II suponía un paso más en la apuesta de SEAT por la deportividad y el diseño, conceptos que habían avanzado los concept-cars Salsa y Tango, y que ya se habían plasmado en el nuevo Ibiza. Todos respondían a la nueva filosofía del departamento de diseño de SEAT, bajo la batuta del reputado Walter de Silva.

Sus formas compactas y el frontal expresivo y sugerente que compartía con el Ibiza, así como un perfil muy aerodinámico, transmitían fuerza, carácter y personalidad. El nuevo Córdoba mejoraba en estética, en confort, seguridad y eficiencia.

Como el Ibiza, destacaba por su buen comportamiento, ya que también incorporaba el novedoso concepto de Chasis Ágil, desarrollado en el Centro Técnico de Martorell bajo la batuta del ingeniero Jaume Xifré (artífice de los chasis Selex de la Fórmula SEAT 1430 de los años 70) y ya utilizado en el León CUPRA R, además del Ibiza III. No obstante, el Córdoba tenía una orientación más familiar que su hermano, el Ibiza.

Eso se notaba especialmente en la gama de motores, ya que el Córdoba prescindía de las versiones más potentes, al contrario de la primera generación, que incluso tuvo versiones CUPRA. Así, en gasolina había dos variantes del 1.4 16v, con 75 CV y 100 CV. En diésel, las opciones eran tres: 1.9 SDI, de 64 CV, y 1.9 TDI, en variantes de 100 CV y 130 CV. En algunos mercados de exportación, también estaba disponible un 1.2 16v de gasolina, de 64 CV.

Así, el Córdoba más potente era el TDI 130, acoplado a una caja de cambios manual de 6 marchas. Y lo siguió siendo cuando, en el Salón de Barcelona de 2003, apareció el 2.0 atmosférico de gasolina, de 115 CV, disponible también en el Ibiza y, en ambos, en combinación con el acabado Sport. Poco antes, el Córdoba había recibido también una variante de 75 CV del motor 1.9 TDI.

Lo que no cambiaba en el nuevo Córdoba era su gran versatilidad. Con 11 centímetros más de longitud que el Córdoba I, media 4,28 metros y ganaba 30 litros más de capacidad en el maletero. Ahora el Córdoba llegaba a los 485 litros y, sobre todo, ofrecía una boca de carga mucho más amplia, con la posibilidad de abatir los respaldos de los asientos traseros.

El Córdoba hacía patente su enfoque familiar con detalles como un dispositivo para desconectar el airbag del pasajero en el acabado Signa, un elemento muy recomendable por motivos de seguridad si se pretende colocar una sillita infantil en el asiento del acompañante. Cómo no, el Córdoba también disponía de anclajes Isofix para la instalación de sillitas infantiles en los asientos traseros.

Otros elementos de seguridad eran el ABS de serie en toda la gama, el ESP (salvo en el SDI) y el airbag de cabeza en opción. De serie, todos los Córdoba llevaban dos airbags frontales, y los acabados Sport y Signa también montaban de serie los airbags laterales (opciones en el Stella).

El Sport añadía llantas de aleación de 15 pulgadas, suspensión deportiva, retrovisores exteriores regulables eléctricamente y calefactados, faros antiniebla, ordenador de a bordo, radio lector CD con 6 loading="lazy" altavoces, volante y pomo del cambio de cuero y TCS (control de tracción en el TDI 130). El Signa ofrecía un equipamiento similar al Sport, pero más enfocado al lujo. En opción se podía contar con faros de xenón, sistema de navegación, control de crucero, limpiaparabrisas activado por sensor de lluvia o preinstalación de teléfono.

En otoño de 2006, el Córdoba recibió un restyling, en paralelo con el Ibiza III, que actualizó su diseño interior y exterior. En 2008 apareció la cuarta generación del Ibiza, y el Córdoba II dejó de fabricarse en otoño de 2009. El Ibiza IV no iba a tener un derivado de 4 puertas, pero sí una versión familiar ST, heredera de aquel Córdoba Vario de la primera generación.