La temporada 2000 fue la última de SEAT en el Campeonato del Mundo de Rallys. A mediados de ese año, el SEAT Córdoba WRC alcanzó su máximo nivel de desarrollo con el estreno de la versión Evo 3, que permitió a la marca repetir la quinta posición en la general de constructores.

Estéticamente, el Córdoba WRC E3 apenas se diferenciaba de su predecesor, el E2. Solo el paragolpes delantero era ligeramente distinto, con una forma optimizada para un mejor flujo de aire hacia el vano motor. Los mayores cambios estaban en lo que no se veía. El motor había mejorado y entregaba más par (la potencia, sin embargo, debía mantenerse nominalmente en 300 CV, por reglamento), y la distribución de pesos se había optimizado para un mejor comportamiento.

En el habitáculo también había cambios, con un nuevo cableado eléctrico y un nuevo tablero de instrumentos, así como una palanca de cambios tipo joystick. Este mando electrónico del cambio fue una modificación solicitada por el ex campeón del mundo Didier Auriol, que se encontraba más a gusto con este sistema. La última diferencia radicaba en la transmisión, donde ahora el diferencial trasero podía ser activo o mecánico, de nuevo según las preferencias de pilotaje del jefe de filas Didier Auriol.

El mejor resultado del nuevo Córdoba WRC E3 llegó en la penúltima cita del campeonato, el Rally de Australia, donde Toni Gardemeister terminó sexto y Auriol, octavo. Estos puntos fueron decisivos para que SEAT repitiera la quinta posición en el Campeonato del Mundo de Constructores que ya había obtenido en 1999.

SEAT y el Córdoba WRC E3 se despidieron del Campeonato del Mundo de Rallys en el Rally de Gran Bretaña del 2000, en el que la marca alineó nada menos que cuatro coches, con Harri Rovanperä de nuevo en el equipo junto a Auriol, Gardemeister y Gwyndaf Evans.

SEAT HISTÓRICOS conserva una unidad del Córdoba WRC E3 con las especificaciones utilizadas en el Rally de Francia. Siendo una prueba totalmente disputada sobre asfalto, este Córdoba WRC E3 "Tour de Corse" tiene un reglaje de suspensiones más bajo y monta una espectacular parrilla de cuatro faros adicionales sobre el capó, que le dan un aspecto de lo más agresivo.

Después de dos años completos en la categoría máxima del Campeonato del Mundo de Rallys, con un balance de tres podios (Nueva Zelanda y Gran Bretaña 1999, Safari 2000) y dos quintas posiciones en el mundial de marcas, SEAT Sport iniciaba una nueva etapa. El departamento de carreras de la marca se iba a encargar de desarrollar y producir las versiones CUPRA más deportivas, en colaboración con el Centro Técnico de SEAT en Martorell. Serían los Ibiza y León CUPRA R; pero esta es otra historia...